L’équipe APR se consacre à des thématiques de recherche développées autour de l'étude des algorithmes, des structures combinatoires, des langages de programmation et des logiciels, du calcul formel, et de l'analyse topologique de données. L'équipe trouve une cohérence thématique dans l’emploi d'approches formelles basées sur des fondations mathématiques solides, que ce soit en combinatoire, en topologie ou en sémantique.
Un aspect fédérateur est le développement de méthodes ayant pour but l'amélioration de la qualité, de la performance et de la fiabilité des logiciels, avec des applications depuis les logiciels embarqués jusqu'aux applications web, en passant par les logiciels système, la programmation concurrente et parallèle, et les langages dynamiques. Ces buts sont atteints par des réalisations logicielles matures, visant des objectifs concrets.