Les systèmes informatiques sont composés d'entités de plus en plus nombreuses et complexes. La centralisation de leurs décisions et de leur surveillance devient difficile, rendant plus complexe la garantie de la sûreté de fonctionnement. Dans cette thèse, nous défendons l'idée que pour avoir des systèmes robustes, il faut doter les entités constituant le système d'autonomie et de capacités d'adaptation. Ces constatations nous ont menés naturellement vers les Systèmes Multi-Agents (SMA) qui se caractérisent par l'autonomie des agents et leur contrôle décentralisé. Cependant, les applications de grande envergure dans le domaine de l'autonomie posent la question de la robustesse du système dans sa globalité. Cette question est généralement traitée à travers l'utilisation de divers techniques dont la tolérance aux fautes qui regroupe des moyens d'obtenir un système remplissant sa fonction en présence de fautes. Mais, l'application de ces techniques aux systèmes autonomes n'est pas triviale.
Cette thèse a permis de cerner les difficultés et les apports introduits par l'autonomie des agents pour la conception de systèmes critiques. Nous y avons étendu la classification des fautes de référence existant pour les systèmes classiques en tenant compte des spécificités des agents autonomes. Ensuite, nous avons discuté plusieurs aspects méthodologiques pour la conception de SMA tolérants aux fautes. En particulier, nous avons étudié quelques gestionnaires pour cette nouvelle classe de fautes et avons montré à travers des aspects méthodologiques, l'apport d'une architecture SMA tolérante aux fautes à un cas de crach bien connu (Ariane 501).