La simulation est aujourd’hui devenue un outil essentiel à l’étude des systèmes complexes et les différentes applications récentes dans des domaines de plus en plus variés montrent que son potentiel en terme d'application est toujours grandissant. Cette thèse se propose de fournir une réflexion méthodologique sur la conception de simulations aujourd'hui : partant d'une analyse globale des processus mis en jeu dans la conception de simulations, notre proposition s'oriente autour d'un cadre méthodologique permettant la rationalisation des étapes de conception, des acteurs mis en jeu, et des rôles associés. Afin d'illustrer notre proposition, nous appliquons notre analyse sur un domaine spécifique de la simulation, les simulations multi-agent, et proposons des solutions opérationnelles permettant de résoudre certains problèmes mis en lumière par notre cadre méthodologique. Ainsi nous nous intéressons plus particulièrement à l’expression de contraintes temporelles entre comportements d’agents, et montrons qu’il est possible de fournir un ensemble d’outils permettant de rendre accessibles des abstractions qui jusque là restaient bien souvent confinées dans l’implémentation de l’outil informatique.