projet GénoGRID

Submission deadline 02/22/2005
Monday, February 21, 2005
Philippe RAIPIN PARVEDY (IRISA)

Lors de ce séminaire, nous présenterons le projet GénoGRID dont l'objectif est de fournir une grille de calcul dédiée aux applications génomiques. Ce projet a été établi dans le cadre d'une ACI GRID (Action Concertée Incitative; Globalisation des Ressources Informatiques et des Données) financée par le ministère de la recherche. Cette grille est composée de super-calculateurs répartis dans le nord-ouest de la France. Elle met à disposition des biologistes, travaillant sur le génome, une puissance de calcul capable d'effectuer des traitements très complexes dans un temps relativement court, comme par exemple "l'identification de nouvelles protéines mitochondriales". Nous nous sommes surtout concentrés sur l'aspect tolérance aux fautes à l'intérieur de la grille. Pour ce faire, nous utilisons le middleware Eden fournissant des mécanismes de gestion et de communication de groupes tolérant les fautes dans des systèmes asynchrones équipés de détecteurs de défaillance de la classe différente de S, et nous utilisons aussi un allocateur distribué tolérant les fautes que nous avons developpé. Cet allocateur est basé sur des modules de consensus fournis par le Eden. Le système que nous avons développé pilotant la grille de calcul GénoGRID se nomme Paradis.

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Thierry.Lanfroy (at) nulllip6.fr