Calcul de Similarité pour la comparaison des Séquences d'Acides Aminés : une Solution VLSI

I. S. Silva, D. Archambaud, J. Penne

IBP-Masi 1994/11: Rapport de Recherche Masi / Masi research reports
16 pages - Avril/April 1994 - French document.

Titre / Title: Calcul de Similarité pour la comparaison des Séquences d'Acides Aminés : une Solution VLSI

Résumé : L'alignement des séquences génétiques est une tâche importante de la recherche en biologie moléculaire. L'augmentation de la taille des bases de données génome implique une croissance du temps d'exécution des alignements. Aujourd'hui ce temps devient prohibitif (plusieurs centaines de jours) et des solutions pour l'accélération des algorithmes d'alignement sont nécessaires. Cet article présente une architecture matérielle parallèle et systolique et son utilisation pour l'accélération des algorithmes de Needleman et Wunsch et de Smith et Waterman.

Abstract : Genome alignment is an important task in molecular biology. The execution time of such alignment is increasing since the genome database is growing fast. Nowadays prohibitive times have been achieved, up to hundreds of days, using common software tools. Hardware devices is a solution to speed up genetic sequence comparisons. This paper presents a parallel and systolic hardware architecture that can speed up Needleman and Wunsch, and Smith and Waterman algorithms.

Publications internes Masi 1994 / Masi research reports 1994